第３回は皆さんいい感じに戦ってくれていたので、特にいらない気はしたのですが一応備忘録として残しておきます。
第３回ユニオンレイドは二ヒリスターとアルトアイゼンが強く、ニヒリスターは手持ちによってはかなり厳しい感じがしました。
下記は強さの難易度順での紹介になります。
（難易度降順　5段階評価です。）

• LEVEL.I テルミットB 難易度：☆〜☆☆ 両肩の部位破壊をすると大ダメージが狙えるので優先して狙うといいです。
  特に警戒する攻撃はないですが、安定しない場合は回復キャラを１体編成に入れるのがおすすめです。
• LEVEL.Ⅱ シニスター 難易度：☆〜☆☆ ダメージ増加デバフと麻痺攻撃が少し厄介な敵です。
  麻痺攻撃は当たっても効果が短いのでそこまで警戒はいらない感じです。
  デバフ攻撃で途中でパーティがやられてしまう場合は、回復役やバリア持ちキャラなどを連れて行くのがおすすめです。
• LEVEL.Ⅳ サンバス 難易度：☆〜☆☆ 相手の溜めビーム攻撃は避けつつ、攻撃するのがおすすめです。
  こちらもそんなに攻撃力はなかった感じだったので、安定しない場合は回復キャラなどを１体編成に入れるのをおすすめします。
• LEVEL.Ⅴ アルトアイゼン 難易度：☆☆☆☆ 端末によりゲームプレイ画面を横画面表示にすることで、攻撃範囲を広くでき立ち回りやすくなります。
  
  相手の攻撃が耐えれない場合はノイズ、サクラなどを編成に組み込むのがおすすめです。

  

  タレットなど敵の部位を攻撃前に破壊することで、こちらのダメージが減らせるのでバーストの使い所などを考えて、上手く立ち回るのがポイントです。
  
  また第二段階の形態ではミサイルの迎撃と赤マル阻止が中心になります。
  赤マルは決まった場所に出てくるので、ミサイルを迎撃しつつ阻止部位に少し早めに照準を合わせるようにする立ち回りをおすすめします。
• LEVEL.Ⅲ ニヒリスター 難易度：☆☆☆☆☆ 手持ちのキャラクターによって、一番難易度が高いボスになると思います。
  
  レベルの上がった段階のニヒリススターの場合は、赤丸の阻止はまず難しいのでこちらは諦めて、ミサイルの迎撃をするのを前提で立ち回ります。
  赤マルが１つでも破壊できる方は、赤マル１個目だけを遅く破壊することで出てくるミサイルの量を減らせます（これは今後修正されるかもしれないです。）
  
  おすすめキャラクターは弾幕を張れるモダニアです。
  ただ中々手に入りにくいので、通常攻撃でサブマシンガンやアサルトライフル持ちのリロードが早く攻撃しやすい武器持ちのキャラクターで、可能な限り迎撃するのも良いかと思いました。

  

  ミサイルの迎撃に失敗すると遮蔽物にダメージを負わされる場合が多いので、ブレスの全体攻撃を喰らってしまい、やられる可能性が高くなります。
  そこで遮蔽物回復持ちのリターや遮蔽物を復活できるビスケットがいると安定します。

  

  ビスケットはマキマさんと特に相性が良いので、持っていれば一緒にパーティを組むのもおすすめです。

  

  現状唯一デバフを解除できるココアも連れて行くと、こちらもパーティの生存率が上がります。

  

  また回復役ではラプンツェルもおすすめですが、いない場合は２体回復持ちのキャラクターを連れて行くなど、自分の手持ちの編成に合わせるのが良いか思います。

  

  残り時間が50秒ぐらいになると自動的に第二段階の姿になります。

  

  頭は照準が合わせづらいのでAutoモードにすると楽になります。

参考動画（外部サイト）

• 【NIKKE】ユニオンレイド ニヒリスターLv5 2.5億 （第3回ユニオンレイド）【ニケ】
• 【対ニヒリスター＆アルトアイゼン】無駄なく組めるユニオンレイド最強編成解説！【勝利の女神：NIKKE】【メガニケ】